O Planejamento no Estado começou na década de 1960, no Governo de Celso Ramos, com o Plano de Metas do Governo – PLAMEG.

No final do Governo de Antonio Carlos Konder Reis, quando foi preparada a nova estrutura para a administração de Jorge Konder Bornhausen foi criado o Gabinete Geral de Coordenação e Planejamento - GAPLAN pela Lei 5.516, de 28 de fevereiro de 1979.

O GAPLAN foi transformado em SEPLAN – Secretaria de Estado do Planejamento – na Administração de Pedro Ivo Campos, por meio do Decreto 1.013, de 30 de novembro de 1987.

Com o início do Governo de Vilson Kleinübing e uma nova estrutura administrativa, a SEPLAN foi extinta. A Secretaria de Estado da Fazenda foi transformada em Secretaria de Estado da Fazenda e Planejamento passando a assumir as atribuições da extinta SEPLAN (Lei 8.245, de 18 de abril de 1991).

Quando assumiu o Governo, Paulo Afonso Evangelista Vieira editou a Lei 9.831, de 17 de fevereiro de 1995, determinando que a Fazenda voltasse a ser somente Secretaria de Estado da Fazenda. Algumas atribuições de Planejamento, como Cartografia, Estatística e Plano Plurianual, passaram para a esfera da recém-criada Secretaria de Estado do Desenvolvimento Econômico, Científico e Tecnológico. Em 1996, essa secretaria passou a se chamar Secretaria de Estado do Desenvolvimento Econômico e Integração ao MERCOSUL, mantendo as competências de planejamento.

Com o início da administração de Luiz Henrique da Silveira foi editada a Lei Complementar 243, de 30 de janeiro de 2003, em que a Secretaria de Estado do Desenvolvimento Econômico e Integração ao MERCOSUL deu origem à Secretaria de Estado do Planejamento, Orçamento e Gestão, com todas as competências de planejamento. A SPG também absorveu as competências do Orçamento Estadual que até então estavam com a Secretaria de Estado da Fazenda.

Na edição da Lei Complementar 284, de 28 de fevereiro de 2005, a SPG manteve as competências até então desempenhadas e agregou a de Descentralização, passando a denominar-se Secretaria de Estado do Planejamento.

Em 2007, com a edição da Lei Complementar 381, a Secretaria de Estado do Planejamento criou a Diretoria das Cidades e transferiu a Diretoria de Desenvolvimento Econômico para a Secretaria de Estado do Desenvolvimento Econômico Sustentável.

No início da administração de Raimundo Colombo foi editada a LEI COMPLEMENTAR Nº 534, de 20 de abril de 2011. A Diretoria de Orçamento e as atividades de elaboração e acompanhamento do Plano Plurianual foram transferidas para a Secretaria de Estado da Fazenda.

Em 2013, a alteração na Lei Complementar n. 613/2013 alterou a estrutura da Secretaria de Estado do Planejamento, criando a Diretoria de Desenvolvimento Regional e das Cidades. 

Nome do secretário Data de Atuação
Armando Cesar Hess de Souza

 02/01/2003 a 31/01/2006 Armando Hess site
Felipe Luz  01/01/2006 a 31/03/2006 Felipe da Luz
Olvacir José Bez Fontana  31/03/2006 a 06/02/2007 OLVACIR FONTANA site
Altair Guidi  06/02/2007 a 31/03/2010 Altair Guidi site
Tulio Tavares Santos  01/04/2010 a 08/04/2010
Vinicius Rene Lummertz Silva  08/04/2010 a 01/01/2011 Vinicius Lummertz site
Felipe Freitas Mello  01/01/2011 a 08/01/2013 Filipe Melo site
Murilo Xavier Flores  08/01/2013 a 01/06/2016
Cassio Taniguchi  01/06/2016 a 13/10/2016 cassio site
Murilo Xavier Flores 13/10/2016 Murilo Flores site